Bocskai-felkelés
A felkelés
1604-re egyre nőtt az elégedetlenség a Magyar Királyság területén, amit súlyosbított a Rudolf császár által vezényelt erőszakos ellenreformáció, ennek kiemelkedő eseménye volt január 6-án a kassai dóm elvétele az evangélikusoktól. Bocskai óvatosan felvette a kapcsolatot a törökökkel, ugyanakkor a Habsburgok is próbálták őt kiengesztelni. Az 1604-es hadjáratok során a császári csapatok szétverték az erdélyi bujdosók táborát, mire Bethlen Gábor azt kezdte el híresztelni, hogy Bocskaira nézve kompromittáló levelek kerültek a támadók kezébe. A kényszerhelyzetbe került nagyúr szeptember 29-én egész eddigi életével szembefordult, s az ellenállás mellett döntött. Szentjobbi várát ugyan elvesztette, a nagykereki őrség viszont sikerrel verte vissza, a német támadást. Október 14-én Bocskai felfogadta azt a mintegy háromezer főnyi hajdúkatonát, akik eddig a császári seregben szolgáltak, hitlevelükben nagy hangsúllyal szerepel a református hit védelme is. Ugyanaznap éjszaka megtámadták Álmosd és Bihardiószeg között a császáriak egyik hadoszlopát, s döntő győzelmet arattak. A győzelem hírére fellobbant a felkelés, Belgioso főkapitány Kassa felé menekült, de a város bezárta előtte a kapuit (Bastát már korábban áthelyezték Erdélyből Észak-Magyarországra). Október 30-án Johannes Bocatius főbíró kezdeményezésére Kassa kaput nyitott a hajdúknak, ez lett Bocskai fővárosa, itt szerveződött meg a vezérkara és az udvara.
Magyarország és Erdély fejedelme
Az új helyzetben Basta tábornok vonult Bocskai ellen, de kisebb győzelmek után Eperjesen vonult téli szállásra. A felkelőknek három irányba kellett támadniuk, északon a tél folyamán kifárasztották Basta seregeit, miközben Rhédey Ferenc vezetésével a hajdúk nyugatra indultak, s tavaszra már Pozsony alatt voltak. Basta emiatt visszavonulási parancsot kapott, de ez a visszavonulás rendezetlen meneküléssé változott. Egyre többen csatlakoztak a felkeléshez, miközben Erdélyben is jelentős sikereket értek el, február 21-én a nyárádszeredai országgyűlés fejedelemmé választotta. Márciusban Bocskai koronát kért a török portától, később azonban megváltoztatta a szándékát, s az átvételét egyre halogatta. 1605. április 17-én Rákóczi Zsigmond szerencsi várában ült össze az a felső-magyarországi részgyűlés, amely aztán a Magyar- és Erdélyország fejedelme címmel tisztelte meg.
Tetőponton
A felkelés ebben az esztendőben elérte legnagyobb területi kiterjedését, a Dunántúlon csak Tata várát sikerül tartósan elfoglalni, a Dunától északra a császáriak úgy adták át Érsekújvár várát, hogy kizárták a hajdúkkal szövetséges törököket. Bocskai nyáron Erdélybe indult. Szeptember 14-én ünnepélyesen letette a fejedelmi esküt, kormányzóként az idős Rákóczi Zsigmondot hagyta ott, s visszatért Kassára. Novemberben Lalla Mohamed nagyvezírrel találkozott Rákos mezején, ahol megkapta a koronát, amelyet azonban nem ismert el királyi jelvénynek. November 24-én Korponán tartottak országgyűlést, ahol két párt alakult ki, a békekötést szorgalmazó mérsékeltek, s a továbbra is harcolni akarók. Bocskai december 12-én csaknem tízezer hajdút nemesített meg és telepített le a Tiszántúlon.
A vég
A hajdútelepítések 1606-ban is folytatódtak (Szoboszló, Nagyszalonta), számos tiszt egyéni nemességet is kapott, Kismarja pedig a mezővárosinál is nagyobb kiváltságokat. A fejedelem folyamatosan Kassán tartózkodott, s egyre többet betegeskedett. Környezetében a korszak legtehetségesebb emberei gyülekeztek össze, de udvara egyszerű volt, apródként megjelent itt néhány főnemes ifjú, köztük somlyai Báthory Gábor és Rákóczi György, későbbi erdélyi fejedelmek. Előrehaladtak a béketárgyalások, mindkét oldalon összecsaptak a békepártiak és a tovább harcolni akarók. Végül 1606. június 23-án aláírták a bécsi békét. Ennek nyomán lezárták a tizenötéves háborút is: november 29-én megkötötték az Oszmán Birodalommal a zsitvatoroki békét. Augusztustól Bocskai betegsége súlyosbodott, a környezete mérgezésre gyanakodott, de valójában a veséje és a mája kezdte felmondani a szolgálatot. 1606. december 17-én vasárnap a fejedelem részt vett az istentiszteleten, úrvacsorát vett, majd lediktálta második végrendeletét, amelyben követőire hagyta politikai koncepcióját, s utódjának Homonnai Drugeth Bálintot nevezte ki. December 29-én, pénteken halt meg, februárban temették el Gyulafehérvárott, de nem Homonnai Drugethet választották meg utódjának, hanem Rákóczi Zsigmondot.
A bécsi béke
A bécsi béke eltörölte az 1604. évi, önkényesen betoldott 22. törvénycikket, amely a felkelés egyik kiváltója volt, biztosította a vallásszabadságot – a katolikus vallás sérelme nélkül – a városoknak, a nemességnek és a végvári katonáknak. Rendelkezett arról, hogy a következő országgyűlésen nádort kell választani, s a koronát Magyarországra kell hozni. A jezsuitáknak nem lehetnek Magyarországon birtokaik, a különböző tisztségeket magyarországiaknak kell főként betölteniük, s a törvénytelen rendeleteket meg kell változtatni. Bocskai nemesítései érvényesek, de birtokadományait felül kell vizsgálnia az országgyűlésnek. A fejedelem saját maga és fiúutódai élettartamára megkapta Erdélyt a Partiummal, valamint Ugocsa, Bereg és Szatmár vármegyéket. Rudolf császár külön oklevélben erősítette meg, hogy a fejedelemség Bocskai halála után sem kerül Habsburg-fennhatóság alá. A vallásügyi rendelkezések féloldalas volta további konfliktusok okává vált az ezt követő időszakban: nem vonatkozott a jobbágyságra, s „a katolikus egyház sérelme” gumiparagrafusnak bizonyult.